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12bet网址:研究人员获得了第一份橡胶树的染色体参考基因组图谱

时间:2019/12/16 13:15:00   作者:   来源:   阅读:276   评论:0
内容摘要:研究人员表示,巴西橡胶树的种质资源和基因组学研究是国际竞争激烈的热点领域。2013年至2016年间,马来西亚、泰国和中国的研究团队利用第二代或第二代、第三代测序混合装配技术,发表了四份橡胶树基因组草图。然而,大戟科植物基因组的染色体是如何进化的,为什么橡胶树能够产生高产量的乳胶,...
    研究人员表示,巴西橡胶树的种质资源和基因组学研究是国际竞争激烈的热点领域。2013年至2016年间,马来西亚、泰国和中国的研究团队利用第二代或第二代、第三代测序混合装配技术,发表了四份橡胶树基因组草图。然而,大戟科植物基因组的染色体是如何进化的,为什么橡胶树能够产生高产量的乳胶,以及橡胶树在上个世纪是如何被驯化的,这些仍然是长期悬而未决的重要科学问题。橡胶树高产、抗病、抗旱、抗寒等重要经济性状的基因组选育和优良基因资源的开发利用,也迫切需要在染色体水平上获得高质量的橡胶树参考基因组图谱。
热带作物种质资源和基因组学云南省创新团队首席科学家,中国科学院昆明植物研究所研究员李志高主要热带作物科学研究所的云南省,昆明植物研究所,中国科学院,中国和华南农业大学,基因组学和生物信息学研究中心的联合研究团队,6年后,基因组学,华盛顿大学哈佛大学和其他单位合作,在完成第二代基因组测序和组装的基础上进一步克服大橡胶树基因组,高混合、高重复困难,例如实时使用的单分子测序(SMRT)和Hi - C技术,世界上首次GT1的参考基因组序列,取得高质量的巴西橡胶树。
基因组分析显示,与之前发表的基因组草图相比,本研究获得的基因组图谱在装配准确性和完整性方面有了显著提高,约1.47Gb的装配基因组序列被附加到18条假染色体上。同时,研究进一步证实了木薯和橡胶的共同祖先在分化前具有古多倍性事件。通过染色体水平的比较基因组学分析,首次建立了大戟的染色体进化模型。高质量的参考基因组序列分析的橡胶树透露,与木薯分化后,三个LTR逆转录转座子的家属橡胶树基因组在过去的1000万年里,迅速爆炸导致890 mbp(大约60.44%)提高橡胶树基因组。本研究鉴定了一个与乳胶生物合成相关的基因家族,分析了乳胶生物合成中重要基因的生物合成途径和表达模式,发现与基本代谢过程、乙烯生物合成、与脱乳相关的多糖和糖蛋白凝集素活性相关的基因显著扩增。

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